Automatisiertes Mutationsscreening

Respiratorisches Virenscreening und Mutationsanalyse effizient vereint

Mit dem RT-PCR-basierten Screening der wichtigsten respiratorischen Viren und der automatisierten Analyse von 20 Mutationen von SARS-CoV-2 basierend auf compact sequencing hebt die Cube Dx die Mutationsanalytik auf ein neues Niveau. Durch die Breite der Analyse, die einfache Handhabung und automatisierte Auswertungen steigern Labors ihre Effizienz im Mutationsscreening deutlich und können bislang „ungesehene“ Mutationen im Auge behalten.

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Bildquelle: Cube Dx

Mit Anfang Oktober verzeichnet die WHO weltweit bereits über 4,8 Millionen Tote in Folge der seit Anfang 2020 grassierenden SARS-CoV-2-Pandemie. In unseren Breiten sind daneben aber auch noch andere RNA-Viren für respiratorische Infektionen verantwortlich, wie beispielsweise Influenzaviren. Von den bekannten Stämmen Influenza A, B, C und D sind vor allem die Stämme A und B klinisch relevant. Insbesondere für Kleinkinder sind Infektionen mit dem Respiratorischen Synzytial-Virus (RSV) kritisch da diese als zweithäufigste Todesursache in dieser Altersgruppe gelten.

Aufgrund der anhaltenden Pandemie und den ähnlichen Symptomen dieser Infektionen ist eine sensitive und robuste Identifikation von SARS-CoV-2, Influenza A, Influenza B und RSV (A+B) für das Hochdurchsatz-Screening ausschlaggebend. Für ein derartiges Screening haben sich RT-PCR (Reverse-Transkription-Polymerase-Kettenreaktion) basierte Tests bewährt, da sie bei entsprechender Geräteausstattung einen hohen Durchsatz gewährleisten. 

Cube Dx bietet dazu zwei In-vitro-Diagnostika an, deren Protokolle identisch sind und daher parallel im selben Screening ablaufen können. Während der Test CuPCR SARS-CoV-2 Mutations xB zwei Abschnitte des S-Gens von SARS-CoV-2 und eine Humankontrolle analysiert, werden mit dem Test CuPCR Respiratory xB Influenza A, Influenza B, RSV (A+B) und eine Humankontrolle getestet.

Automatisiertes Screening auf 20 Mutationen (SNPs) in nur 15 Minuten

Im Falle von SARS-CoV-2-Infektionen sind Mutationen von immer größerer Bedeutung, da diese die Eigenschaften des Virus verändern können. Vor allem Mutationen in der Receptor Binding Domain (RBD) des S-Gens sind relevant, weil diese die Effektivität der zugelassenen Impfstoffe beeinflussen können.

Der Test hybcell SARS-CoV-2 Mutations xB bietet daher die Möglichkeit, positive Amplifikate aus dem Screening unmittelbar auf 20 SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) zu untersuchen. In nur 15 Minuten steht damit basierend auf dem von der Cube Dx entwickelten compact sequencing ein ganzes Mutationsmuster zur Verfügung, das von der Software automatisch einer resultierenden Variante zugeordnet wird (z.B. Delta, Britische Variante (Alpha), Südafrikanische Variante (Beta), etc.).

Die Kombination aus einem breiten Screening und der unmittelbaren Auflösung der Varianten erlaubt eine schnelle Reaktion auf das Auftreten neuer Mutationen in einer Region. Mit der einfachen Handhabung und der automatischen Auswertung der Mutationen und Varianten ist eine hohe Effizienz des Cube Dx Mutationsscreening gewährleistet. 

  • Screening der wichtigsten respiratorischen Viren: SARS-CoV-2, Influenza A, Influenza B, RSV (A+B)
  • Unmittelbare und automatisierte Analyse von 20 Mutationen (SNPs) der Receptor Binding Domain (RBD) des S-Gens mit compact sequencing aus positiven Amplifikaten in nur 15 Minuten.
  • Einfache Handhabung und automatisierte Auswertung der Mutationen und Varianten steigern die Effizienz der Mutationsanalytik erheblich
Respiratorisches Virenscreening und Mutationsanalyse effizient vereint

Automatisiert ausgewiesene Lineages basierend auf dem Mutationsmuster

ECDC Concern*
WHO Label
Lineage + zusätzliche Mutationen
Mutationsmuster

VOC
Alpha
B.1.1.7
N501Y, P681H, T716I
VOC

B.1.1.7+E484K
E484K, N501Y, P681H, T716I
VOC
Delta
B.1.617.2
L452R, T478K, P681R
VOC
Gamma
P.1
K417T, E484K, N501Y, H655Y
VOC
Beta
B.1.351
K417N, E484K, N501Y, A701V
VOI
Eta
B.1.525
E484K, Q677H
VOI
Theta
P.3 / B.1.621
E484K, N501Y, P681H
VOI

B.1.616
V483A, H655Y
VOI

B.1.620
S477N, E484K, P681H
VOI
Epsilon
B.1.427 / B.1.429 / C.16 / B.1.526.1
L452R
VOI
Kappa
B.1.617.1 / B.1.617.3
L452R, E484Q, P681R
VUM

B.1.214.2
T716I
VUM

B.1.1.7+S494P
S494P, N501Y, P681H, T716I
VUM

A.23.1+E484K / AT.1 / P.2
E484K
VUM
Iota
B.1.526
E484K, A701V
VUM

B.1.1.318
E484K, P681H
VUM

A.28
E484K, N501T, H655Y
VUM

B.1.1.519
T478K
VUM

B.1.526.2
S477N
VUM

C.36+L452R
L452R, Q677H
VUM

B.1.1.7+L452R
L452R, N501Y, D614G, P681H, T716I
VUM

A.27
L452R, N501Y, H655Y
VUM
Lambda
C.37
L452Q
VUM

AV.1
N439K, E484K, P681H
VUM

P.1+P681H
E484K, H655Y, K417T, N501Y, P681H

* VOC = Variant of Concern; VOI = Variant of Interest; VUM = Variant under Monitoring


Weitere Informationen unter: www.cubedx.com/deutsch/virale-diagnostik/

12.10.2021

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