News • Plattform zur kontinuierlichen Überwachung
'CovRadar' behält Covid-Mutationen im Blick
Dass Viren mutieren, ist normal. Doch Mutationen können große Auswirkungen auf das Infektionsgeschehen und die Maßnahmen zu deren Eindämmung haben und müssen daher kontinuierlich überwacht werden.
Bildquellen: Clker-Free-Vector-Images auf Pixabay (Radar) / Centers for Disease Control and Prevention (CDC)/Alissa Eckert, MS; Dan Higgins, MAM (Virus); Mashup: HiE
Erst vor wenigen Monaten informierten die britischen Gesundheitsbehörden über eine neue Variante von SARS-CoV-2, die deutlich ansteckender ist. Kurz darauf wurden weitere "Variants of Concern" in Südafrika und Brasilien entdeckt, die sich nun weltweit ausbreiten, auch in Deutschland.
Wissenschaftler des Hasso-Plattner-Instituts (HPI), des Robert Koch-Instituts (RKI), des Europäischen Virus-Bioinformatik Instituts (EVBC) und der Medizinischen Hochschule Hannover haben daher gemeinsam mit CovRadar eine neue interaktive Plattform zur molekularen Überwachung des Corona-Spike-Proteins entwickelt, auf das die meisten Impfstoffe abzielen. Sie verbindet einen Analyseprozess und eine Web-Anwendung, die die Analyse und Visualisierung von über einer Million Sequenzen ermöglichen. Dafür erstellt CovRadar aus Genomregionen ein multiples Sequenz-Alignment und bestimmt daraus Varianten, Konsensus-Sequenzen und phylogenetische Stammbäume. Die Ergebnisse werden in einer interaktiven PDF-ähnlichen App präsentiert, die eine schnelle, einfache, exportierbare und flexible Auswertung ermöglicht.
© CARTO
Dabei sind durch die vielfältigen Filteroptionen sowohl Echtzeit- als auch retrospektive Analysen möglich. Gleichzeitig erlaubt eine interaktive Deutschland-Karte auch die Betrachtung der Verbreitung von Mutationen in verschiedenen Regionen. CovRadar ist frei zugänglich unter: https://covradar.net/ und wird auch vom Krisenstab des Robert Koch-Instituts (RKI) genutzt. "Unser Ziel ist es, Sequenzinformationen über die neue Plattform CovRadar leichter und nutzerfreundlicher zugänglich zu machen, insbesondere für Virologen und Epidemiologen sowie den Krisenstab des RKI, damit wir notfalls sehr schnell auf Mutationen reagieren können", so Prof. Dr. Bernhard Renard, Leiter des Lehrstuhls Data Analytics and Computational Statistics und des CovRadar-Projekts am Hasso-Plattner-Institut (HPI) in Potsdam sowie Mitglied des Wissenschaftlichen Beirats des Robert Koch-Instituts (RKI). "Das HPI konnte hier in kurzer Zeit eine entsprechend skalierbare Plattform mit den verschiedenen Visualisierungsmöglichkeiten beisteuern und eine Basis für die schnelle Interpretation am RKI liefern.
Quelle: Hasso-Plattner-Institut (HPI)
13.04.2021
